Il Comitato consultivo, nominato dal Presidente su proposta del Consiglio direttivo, fornisce pareri e proposte al Consiglio direttivo, principalmente sui programmi di attività e sui criteri e metodi di valutazione. È composto da rappresentanti di vari enti e istituzioni, tra cui il Consiglio universitario nazionale, la Conferenza dei rettori delle università italiane, il Consiglio nazionale degli studenti universitari, enti di ricerca, l'Accademia dei Lincei, le parti sociali, e altre organizzazioni internazioali come l'European Research Council e l'European Universities Association.

Il Comitato ha una durata di mandato di quattro anni e designa al proprio interno un Presidente. Dal 13 aprile 2021, il Presidente è il Prof. Guido Martinelli.