Gli organi dell’Agenzia Nazionale di Valutazione del sistema Universitario e della Ricerca sono stabiliti dal regolamento sulla struttura e il funzionamento dell’ANVUR e sono:

• il Presidente
• il Consiglio direttivo
• il Collegio dei revisori dei conti

Il Consiglio Direttivo è l’organo di indirizzo politico e strategico dell’Agenzia ed elegge al suo interno il Presidente a cui spetta la rappresentanza legale dell’Agenzia. Il Consiglio Direttivo definisce gli indirizzi strategici delle attività di valutazione, stabilendo criteri e metodi. Si occupa inoltre di predisporre il programma delle attività, approvare i rapporti di valutazione e i bilanci dell’ente. Su proposta del Presidente, nomina il Direttore dell’Agenzia. 
Al Collegio dei revisori spetta la funzione di controllo dell’attività amministrativa e contabile dell’Agenzia. 
La carica di Presidente, componente del Consiglio direttivo e componente del Collegio dei revisori dei conti è di sei anni, senza possibilità di rinnovo. Se il Presidente o un componente di un organo cessano dalla carica prima della scadenza del proprio mandato, il sostituto nominato resta in carica per la durata residua del mandato.